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Le CATI GREP

Le CATI GREP est un Centre Automatisé de Traitement de l'Information INRAE homologué depuis 2019.

La thématique du CATI GREP (Genomics Research Environment for Plants) est la génomique des plantes.

Il a pour mission la production d'outils d'analyse de génomes et de données génomiques, ainsi que l'intégration des données génomiques produites avec l'ensemble des données de génétique et phénomique des plantes.

4 groupes de travail ont été actifs de 2019 à 2021 :

  1. Gene card : développement d'une fiche gène intégrative dans le système d'information GnpIS.
  2. Synteny & graphes : exploration des modèles graphe et sémantique, en particulier autour de la thématique synténie.
  3. VRE : construction de Virtual Research Environment et workflow d'analyse.
  4. RepetDB : évolution de la base de données dédiée aux éléments transposables RepetDB.

Les travaux ont été re-organisés en 2 activités depuis 2022:

1. Graphes et sémantique : exploration des modèles graphe et sémantique (thématiques: synténie, génomique, phénomique)

2. Génomique : participation à l'organisation du Hackathon bioinformatique.

Les compte-rendus sont accessibles avec votre LDAP INRAE.

Le CATI GREP s'inscrit dans les collectifs :

- inter-CATI "omiques".

- inter-CATI "work4graph"

Les différentes actions inter-CATI sont disponibles dans les section dédiées à droite.

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05 juillet 2023

Rédaction : Rédacteur

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