Les projets des 5 CATI “omiques”, BARIC, BIOS4BIOL, BOOM, PlantBreed et GREP comprennent des actions fédératives déclinées sous forme de 4 work-packages (WP) inter-CATI.

Le collectif organise un hackathon bioinformatique une fois par an.

WP1: Intégration sémantique des données

Les CATI concernés offrent déjà des ressources adaptées des concepts du Web Sémantique, permettant d’intégrer et d’interroger efficacement les données génomiques et génétiques, mais des améliorations sont néanmoins nécessaires pour accroître l’expressivité des requêtes et permettre le passage à l’échelle à la fois en terme de type, de volume, et de dispersion des données. Dans ce WP, nous proposons de partager notre expertise et d’offrir des solutions concernant les entrepôts de données, les ontologies, la fédération des requêtes, et les interfaces d’interrogation, et démontrer l’impact de ces technologies par des cas d’études concrets.

WP2: Packaging, diffusion, portabilité et reproductibilité des pipelines

Ce workpackage a pour objet de définir des pratiques et une boîte à outils commune afin d'assurer la portabilité des outils et des pipelines développés dans chaque CATI sur l'ensemble des infrastructures mises à disposition de la communauté bioinformatique. Le groupe de travail a l’ambition opérationnelle et de faire des choix techniques quant à l'utilisation d'outils de gestion de pipelines (pour les bioinformaticiens) ainsi que des technologies de déploiement afin d'exploiter ces pipelines sur les différentes architectures à disposition.

WP3: Partage et développement de workflows d’analyse et d’intégration de données omiques

Les CATI omiques ont certaines activités communes et l’objectif de ce WP est de co-développer des protocoles dédiés à des thématiques partagées en partenariat, par exemple : l’analyse des données méta-transcriptomiques et de métagénomique shotgun, l’analyse de transferts horizontaux Microbiote->Hôte, l’identification de variations génomiques et les analyses évolutives, de diversité ou de génomique des populations, ou l’épigénétique.

WP4: Veille partagée, retour d’expériences, construction de formations

Il s’agit de mettre en place une activité de veille commune aux CATI omiques sur des sujets d’intérêt pour les bioinformaticiens et biostatisticiens, comme par exemple les statistiques et l’analyse de données omiques, ou l’apprentissage profond (deep learning). Cette animation prendra la forme d’un webinar périodique (i.e. une réunion collective via Internet avec invitation de personnalités extérieures aux CATI) et d’une rencontre annuelle des CATI omiques.

En terme de formations, nous proposons de réaliser un bilan des formations proposées par les CATI omiques afin d’identifier les actions communes et les actions spécifiques à chaque collectif. Nous étudierons la possibilité de mutualiser certaines parties des supports, en tenant compte des spécificités dépendantes de l’architecture de chacune des plateformes locales.